ĐHQGHN nằm trong bảng xếp hạng QS Châu Á, đứng thứ 1 Việt Nam cùng với  ĐHQGHTp.HCM (thứ 2), Đại học Cần Thơ (thứ 3), Đại học Huế (thứ 4) và Trường ĐH Bách khoa Hà Nội (thứ 5). Ở thứ hạng trong khu vực, từ vị trí 191 trong top 200 đại học hàng đầu Châu Á (2015), năm nay, ĐHQGHN đã vươn lên thứ 139 trong top 150 đại học hàng đầu Châu Á.

Tiếp theo là ĐHQGTp.HCM thứ 147 (thứ 2 Việt Nam). Năm 2016 Việt Nam có thêm 03 đại học tham gia xếp hạng QS Châu Á, đó là Đại học Cần thơ (top 300), Đại học Huế (top 350 ) và Trường ĐH Bách Khoa Hà Nội (top 350).

Về thứ hạng xếp theo từng tiêu chí xếp hạng, ĐHQGHN lọt vào top 100 - ở vị trí 65 về uy tín học thuật; top 200 về đánh giá của nhà tuyển dụng (vị trí 169); top 100 về tỷ lệ sinh viên quốc tế trao đổi (vị trí thứ 62). Trước đó, trong bảng xếp hạng QS Châu Á năm 2015, ĐHQGHN nằm trong nhóm 191-200.