ĐHQGHN có 3 cấp quản lý hành chính:
1) ĐHQGHN là đầu mối được Chính phủ giao các chỉ tiêu, kế hoạch hàng năm; có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình Quốc huy. Giám đốc, các Phó Giám đốc và Chủ tịch Hội đồng ĐHQGHN do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm. 
2) Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên; các trường, khoa, trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ trực thuộc; các đơn vị dịch vụ, phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học trực thuộc ĐHQGHN là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.
3) Các khoa, phòng nghiên cứu và tương đương thuộc trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên và các đơn vị trực thuộc.
ĐHQGHN hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao; được làm việc trực tiếp với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của ĐHQGHN. Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên thuộc ĐHQGHN là những cơ sở đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ có quyền tự chủ cao, có pháp nhân tương đương các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học khác được quy định trong Luật Giáo dục, Luật Giáo dục đại học, Luật sửa đổi và bổ sung một số điều của Luật Giáo dục đại học và Luật Khoa học và Công nghệ. NHỮNG MỐC LỊCH SỬ QUAN TRỌNG CỦA ĐHQGHN
Năm 1906
Đại học Đông Dương được thành lập theo Quyết định số 1514a ngày 16 tháng 5 năm 1906 của Toàn quyền Đông Dương, đặt trụ sở tại số 19 phố Lê Thánh Tông, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội (thời Pháp thuộc là phố Boulevard Bobillot). Năm 1945
Trên cơ sở Đại học Đông Dương, Trường Đại học Quốc gia Việt Nam được thành lập, khai giảng khoá đầu tiên vào ngày 15 tháng 11 năm 1945 dưới sự chủ tọa của Chủ tịch Hồ Chí Minh. Đây là trường đại học đa ngành, đa lĩnh vực đầu tiên được thành lập dưới chính thể Việt Nam Dân chủ Cộng hoà. Trụ sở của Trường vẫn đặt tại số 19 phố Lê Thánh Tông, Hà Nội. Năm 1951
Nhà nước ta thành lập Trường Khoa học Cơ bản (tại Chiến khu Việt Bắc). Đây là một trong những Trường tiền thân của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội sau này.
Năm 1956
Theo Quyết định số 2183/TC ngày 04 tháng 6 năm 1956 của Chính phủ, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội và Trường Đại học Sư phạm Hà Nội được thành lập.
Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội là trường đại học khoa học cơ bản (khoa học tự nhiên và khoa học xã hội - nhân văn) đầu tiên ở miền Bắc sau hoà bình lập lại. Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội trực tiếp kế thừa truyền thống và cơ sở vật chất, kỹ thuật của Đại học Đông Dương (1906), Trường Đại học Quốc gia Việt Nam (1945) và Trường Khoa học Cơ bản (1951).
Trong Trường Đại học Sư phạm Hà Nội có Khoa Ngoại ngữ, sau này phát triển thành Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội. Năm 1967
Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội được thành lập trên cơ sở Khoa Ngoại ngữ của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội.
Năm 1985
Tháng 11 năm 1985, Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường sáp nhập với Trung tâm nghiên cứu rừng ngập mặn của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội và trở thành Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường trực thuộc ĐHQGHN.
Năm 1993 - 1997
Với tầm nhìn chiến lược, Đảng và Nhà nước ta đã xác định giáo dục và khoa học - công nghệ là quốc sách hàng đầu. Theo phương châm đó, ngày 14 tháng 01 năm 1993, Hội nghị lần thứ tư Ban chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam (Khóa VII) đã ra Nghị quyết, trong đó chỉ rõ nhiệm vụ “Xây dựng một số trường đại học trọng điểm quốc gia” để làm đầu tàu và nòng cột cho giáo dục đại học nước nhà. Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN) được thành lập với vai trò và sứ mệnh đó.
ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường đại học lớn ở Hà Nội: Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội (Nghị định số 97/CP ngày 10 tháng 12 năm 1993 của Chính phủ). ĐHQGHN hoạt động theo Quy chế về Tổ chức và hoạt động do Thủ tướng Chính phủ ban hành theo Quyết định số 477/QĐ-TTg ngày 05 tháng 9 năm 1994.
Theo Nghị định 97/CP, ĐHQGHN ban đầu gồm Trường Đại học Đại cương và 4 trường đại học chuyên ngành: Trường ĐH Khoa học Tự nhiên, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường ĐH Sư phạm, Trường ĐH Ngoại ngữ; Các Viện và Trung tâm nghiên cứu khoa học, các đơn vị phục vụ. Trong giai đoạn này, một số đơn vị đã được ĐHQGHN thành lập gồm: i) Các đơn vị thành lập năm 1995: Trung tâm Nội trú Sinh viên; Khoa Quản trị Kinh doanh; Bản tin ĐHQGHN; Nhà Xuất bản ĐHQGHN; Trung tâm Phát triển Hệ thống; Tạp chí Khoa học ĐHQGHN (trên cơ sở tổ chức lại Tạp chí khoa học của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội); Trung tâm Bồi dưỡng Cán bộ giảng dạy Lý luận Mác – Lê Nin thuộc Trường Đại học Tổng hợp, tiền thân của Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng giảng viên lý luận chính trị; Trung tâm Đảm bảo chất lượng đào tạo và Nghiên cứu phát triển giáo dục; Nông trường 1A được chuyển giao cho ĐHQGHN theo Quyết định số 659/TTG ngày 16 tháng 10 năm 1995 của Thủ tướng Chính phủ, trở thành một đơn vị trực thuộc ĐHQGHN, làm tiền đề chuẩn bị dự án xây dựng cơ sở mới của ĐHQGHN tại Hoà Lạc; ii) Các đơn vị thành lập năm 1996: Trung tâm Công nghệ sinh học; Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng giảng viên lý luận chính trị; iii) Trung tâm Thông tin - Thư viện được thành lập trên cơ sở hợp nhất 03 thư viện của: Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội, theo Quyết định số 66/TCCB ngày 14 tháng 02 năm 1997 của Giám đốc ĐHQGHN.
Năm 1998
Chính phủ ban hành Nghị định về việc xóa bỏ Trường Đại học Đại cương, đồng thời trong năm này, Giám đốc ĐHQGHN ký các Quyết định thành lập Nhà In ĐHQGHN (được tách ra từ Nhà Xuất bản ĐHQGHN) và Quyết định thành lập Trung tâm Nghiên cứu về Phụ nữ.
Năm 1999
Giám đốc ký các Quyết định thành lập: i) Trung tâm Thực nghiệm Giáo dục Sinh thái và Môi trường Ba Vì; Khoa Kinh tế trực thuộc ĐHQGHN (tháng 7 năm 1999); Khoa Sư phạm theo Quyết định số 1481/TCCB ngày 21 tháng 12 năm 1999.
Năm 2000
Cho đến năm 2000, ĐHQGHN có 04 trường đại học thành viên (Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, 10 trang web cá cược bóng đá hàng đầu , Trường Đại học Ngoại ngữ, Trường Đại học Sư phạm) và 03 khoa trực thuộc: Khoa Công nghệ (Quyết định số 85/TCCB ngày 07 tháng 3 năm 2000), Khoa Kinh tế, Khoa Sư phạm và các đơn vị khác…
Trong năm 2000, Trường Đại học Sư phạm tách khỏi cơ cấu tổ chức của ĐHQGHN trở thành trường đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo. Vào thời điểm này, ĐHQGHN mới có các ngành và lĩnh vực: toán và khoa học tự nhiên, công nghệ thông tin và điện tử viễn thông (Trường Đại học Khoa học Tự nhiên), khoa học xã hội và nhân văn, kinh tế, luật (10 trang web cá cược bóng đá hàng đầu ) và ngoại ngữ (Trường Đại học Ngoại ngữ).
Để tiếp tục tạo điều kiện thuận lợi cho hai Đại học Quốc gia (ĐHQG), trong đó có ĐHQGHN phát triển, Thường vụ Bộ Chính trị đã có Kết luận số 315-TB/TW ngày 29 tháng 8 năm 2000, nêu rõ:
“Chủ trương xây dựng hai ĐHQG thành những trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực, chất lượng cao, ngang tầm khu vực, dần đạt trình độ quốc tế là hoàn toàn đúng đắn, phù hợp với yêu cầu phát triển của đất nước và xu hướng phát triển giáo dục đại học của khu vực và thế giới... ĐHQG chịu sự quản lý nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo, của các Bộ, ngành khác trong lĩnh vực liên quan phù hợp theo quy định của Chính phủ và Luật Giáo dục, đảm bảo quyền tự chủ cao trong các hoạt động về đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ, tài chính, quan hệ quốc tế, tổ chức bộ máy và nhân sự của ĐHQG; tạo cho được ĐHQG trở thành một thực thể hữu cơ phát huy cao nhất hiệu quả của việc xây dựng và sử dụng đội ngũ giáo viên, phòng thí nghiệm, cơ sở vật chất...”. Năm 2001
Thực hiện Kết luận của Thường vụ Bộ Chính trị, Chính phủ ban hành Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2001 về ĐHQG; ngày 12 tháng 02 năm 2001, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 14/2001/QĐ-TTg và Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg về việc tổ chức lại và ban hành Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG. Đây là mốc lịch sử quan trọng đánh dấu bước phát triển mới của ĐHQGHN.
Theo Quyết định số 14/2001/QĐ-TTg, ĐHQGHN có 03 trường đại học thành viên: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, 10 trang web cá cược bóng đá hàng đầu , Trường Đại học Ngoại ngữ và 01 viện nghiên cứu khoa học thành viên - Viện Công nghệ Thông tin; các khoa, trung tâm nghiên cứu trực thuộc; các đơn vị phục vụ; Văn phòng và các Ban chức năng. Thời điểm đó, có một số Ban chức năng đã được thành lập, trong đó có Ban Quan hệ Quốc tế, Ban Thanh tra… và có tổ chức Đảng - đoàn thể được thành lập là Khối Văn phòng Đảng - đoàn thể.
Năm 2001
Thực hiện thỏa thuận giữa ĐHQGHN và Quỹ Giáo dục Cao học Hàn Quốc (KFAS), Trung tâm Hỗ trợ Nghiên cứu Châu Á chính thức được thành lập theo Quyết định số 720/TCCB, ngày 13 tháng 12 năm 2001.
Năm 2002
Giám đốc ĐHQGHN ký các Quyết định thành lập: i) Ban Quản lý các dự án xây dựng tại Hòa Lạc (ngày 29 tháng 4 năm 2002) và Khoa Sau đại học trực thuộc ĐHQGHN (ngày 20 tháng 5 năm 2002).
Năm 2003
Ngày 20 tháng 12 năm 2003, Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải đã chính thức động thổ xây dựng ĐHQGHN tại Hoà Lạc. Giai đoạn 2004 - 2006
Ngày 19 tháng 3 năm 2004, thành lập Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển, theo Quyết định số 40/2004/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở Trung tâm Nghiên cứu Việt Nam và Giao lưu văn hóa trực thuộc ĐHQGHN. Trung tâm này là sự tiếp nối Trung tâm Hợp tác nghiên cứu Việt Nam (Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội) do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ký Quyết định thành lập số 529/QĐ ngày 17 tháng 5 năm 1989.
Ngày 25 tháng 5 năm 2004, thành lập Trường Đại học Công nghệ trên cơ sở nâng cấp và phát triển Khoa Công nghệ và Trung tâm Hợp tác Đào tạo và Bồi dưỡng Cơ học trực thuộc ĐHQGHN, theo Quyết định số 92/2004/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời, trước đó Trung tâm Giáo dục Quốc phòng đã được thành lập từ ngày 02 tháng 3 năm 2004 theo Quyết định số 97/TCCB của Giám đốc ĐHQGHN.
Ngày 19 tháng 5 năm 2005, thành lập Trung tâm Công nghệ đào tạo và hệ thống việc làm trực thuộc ĐHQGHN theo Quyết định số 1073/QĐ-TCCB của Giám đốc ĐHQGHN.
Đến năm 2006, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định giải thể Nông trường 1A và chuyển một số nhận sự về công tác tại Trung tâm Nghiên cứu Đô thị, Trung tâm Thực nghiệm Giáo dục Sinh thái và Môi trường Ba Vì.
Năm 2007
Ngày 06 tháng 3 năm 2007, thành lập Trường Đại học Kinh tế trên cơ sở nâng cấp Khoa Kinh tế, theo Quyết định số 290/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Ngày 24 tháng 5 năm 2007, thành lập Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học trên cơ sở nâng cấp Trung tâm Công nghệ sinh học, theo Quyết định số 661/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Năm 2008
Quỹ phát triển Khoa học Công nghệ, ĐHQGHN được thành lập theo Quyết định số 3042/QĐ-KHCN ngày 23 tháng 6 năm 2008 của Giám đốc ĐHQGHN.
Đến ngày 24 tháng 12 năm 2008, Trung tâm Truyền thông và Quan hệ công chúng được thành lập trên cơ sở tổ chức lại sắp xếp lại Bản tin ĐHQGHN và Bộ phận Website của ĐHQGHN (Quyết định số 6059/QĐ-TCCB của Giám đốc ĐHQGHN).
Trung tâm Phát triển và Quản lý đô thi đại học tại Hòa Lạc được thành lập, sau đó, cùng với Ban Quản lý các dự án xây dựng tại Hòa Lạc (gồm Ban Quản lý Dự án QG-HN 05, 07, 09 và 10) được sáp nhập và tổ chức lại thành Ban Quản lý dự đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc trực thuộc Bộ Xây dựng, theo Quyết định số 1466/QĐ-BXD ngày 16 tháng 12 năm 2008 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng.
Năm 2009
Ngày 03 tháng 4 năm 2009, thành lập Trường Đại học Giáo dục trên cơ sở Khoa Sư phạm, theo Quyết định số 441/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Cũng trong năm 2009, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định thành lập các đơn vị trực thuộc: i) Trung tâm Hỗ trợ Sinh viên (trên cơ sở bổ sung chức năng, nhiệm vụ và đổi tên Trung tâm Nội trú Sinh viên), theo Quyết định số 52/QĐ-TCCB ngày 07 tháng 01 năm 2009; ii) Trung tâm Hỗ trợ Đào tạo và Phát triển đô thị đại học (trên cơ sở bổ sung chức năng, nhiệm vụ và đổi tên Trung tâm Thực nghiệm Giáo dục sinh thái và Môi trường Ba Vì), theo Quyết định số 874/QĐ-TCCB ngày 23 tháng 02 năm 2009; iii) Trung tâm Giáo dục Thể chất và Thể thao trên cơ sở sắp xếp và tổ chức lại các bộ môn giáo dục thể chất của các đơn vị (Quyết định số 1652/QĐ-TCCB ngày 04 tháng 5 năm 2009); iv) Đổi tên để phù hợp Trung tâm Giáo dục Quốc phòng thành Trung tâm Giáo dục Quốc phòng – An ninh (Quyết định số 1737/QĐ-TCCB ngày 11 tháng 5 năm 2009); v) Trung tâm Nghiên cứu Biển và Đảo (Quyết định số 1757/QĐ-TCCB ngày 13 tháng 5 năm 2009); vi) Trung tâm Quốc tế Nghiên cứu Biến đổi Toàn cầu (Quyết định số  1758/QĐ-TCCB ngày 13 tháng 5 năm 2009); vii) Ban Quản lý và Phát triển dự án (Quyết định số 4029/QĐ-TCCB ngày 26 tháng 11 năm 2009).

Năm 2010
Trong năm, Giám đốc ĐHQGHN ký Quyết định thành lập các đơn vị trực thuộc: i) Trung tâm Nghiên cứu Đô thị (Quyết định số 629/QĐ-TCCB ngày 12 tháng 02 năm 2010); ii) Khoa Y Dược (Quyết định số 1507/QĐ-TCCB ngày 20 tháng 5 năm 2010); iii) Trung tâm Ứng dụng công nghệ thông tin (trên cơ sở hai đơn vị tiền thân là Trung tâm Công nghệ phần mềm thuộc Trường Đại học Công nghệ và Trung tâm VNUnet thuộc Viện Công nghệ thông tin), theo Quyết định số 1736/QĐ-TCCB ngày 10 tháng 6 năm 2010; iv) Văn phòng hợp tác ĐHQGHN và Đại học Kyoto, viết tắt là VKCO (được thành lập ngày 17 tháng 9 năm 2010 với vị trí là Văn phòng đại diện cho các trường đại học Nhật Bản và cầu nối trong giáo dục giữa Việt Nam với Nhật Bản. VKCO là  1 trong 8 Văn phòng hợp tác trên toàn thế giới của Chính phủ Nhật Bản); v) nâng cấp Trung tâm Đảm bảo chất lượng đào tạo và Nghiên cứu phát triển giáo dục thành Viện Đảm bảo chất lượng giáo dục trực thuộc ĐHQGHN (Quyết định số 1980/QĐ-TCCB ngày 05 tháng 7 năm 2020).
Ngày 15 tháng 11 năm 2010, Bộ Giáo dục và Đào tạo giao cho ĐHQGHN phối hợp với Tổ chức AUPELF-UREF (nay là Cơ quan Đại học Pháp ngữ - AUF) tổ chức, quản lý và điều hành Viện Tin học Pháp ngữ, theo Quyết định số 5206/QĐ-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Năm 2011
Trong năm, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định thành lập các đơn vị trực thuộc: i) Trung tâm Nhân lực Quốc tế (Quyết định số 2139/QĐ-TCCB ngày 29 tháng 7 năm 2011); ii) Trung tâm Phát triển ĐHQGHN (trên cơ sở hợp nhất Trung tâm Thực nghiệm Giáo dục Sinh thái và Môi trường Ba Vì, sáp nhập một phần của Trung tâm Hỗ trợ đào tạo và Phát triển đô thị đại học và bộ phận Quản trị, tổ bảo vệ Văn phòng ĐHQGHN), theo Quyết định số 3592/QĐ-TCCB ngày 02 tháng 12 năm 2011; iii) Trung tâm Hợp tác và Chuyển giao tri thức (Quyết định số 3619/QĐ-TCCB ngày 06 tháng 12 năm 201); iv) Bệnh viện ĐHQGHN được thành lập Quyết định số 3618/QĐ-TCCB ngày 05 tháng 12 năm 2011 và Trung tâm Nano và Năng lượng (Quyết định số 3636/QĐ-ĐHQGHN ngày 07 tháng 12 năm 2011). 
Đến thời điểm này, về cơ bản ĐHQGHN đã trở thành một trung tâm đào tạo đại học, sau đại học, nghiên cứu khoa học và chuyển giao tri thức đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao, gồm tổng số 43 đơn vị, trong đó bao gồm: 09 đơn vị thành viên, với 06 trường đại học (có quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, có tư cách pháp nhân tương đương các trường đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo) và 03 viện nghiên cứu khoa học thành viên; 05 khoa trực thuộc; 14 đơn vị đào tạo và nghiên cứu khoa học trực thuộc (02 viện và 12 trung tâm đào tạo, nghiên cứu); 15 đơn vị phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học trực thuộc.
Bên cạnh đó, ngày 16 tháng 8 năm 2011, Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 3737/QĐ-UBND, cấp giấy phép thành lập và công nhận Điều lệ Quỹ Phát triển ĐHQGHN. Theo đó, Quỹ Phát triển ĐHQGHN có tư cách pháp nhân là đơn vị thực hiện nhiệm vụ đặc biệt của ĐHQGHN, hoạt động trên nguyên tắc tự nguyện, tự tạo vốn và tự trang trải hoạt động.
Mặc dù còn một số khó khăn, nhưng  Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2001 về ĐHQG và Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG ban hành kèm theo Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg ngày 12 tháng 02 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ đã tạo điều kiện thuận lợi cho ĐHQG phát huy được quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao trong sự quản lý nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo và các Bộ liên quan trong các hoạt động về tổ chức bộ máy, nhân sự, tài chính, hợp tác quốc tế, đào tạo, nghiên cứu khoa học; hình thành được mô hình đơn vị sự nghiệp giáo dục có thực thể hữu cơ, liên thông, liên kết, hợp tác toàn diện giữa các đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc, khai thác hiệu quả mọi nguồn lực, lợi thế đa ngành, đa lĩnh vực, sự đa dạng và thế mạnh của từng đơn vị trong ĐHQGHN để nâng cao chất lượng mọi hoạt động, gia tăng các giá trị, tạo nên các sản phẩm độc đáo, có sức cạnh tranh cao; được tổ chức QS World University Rankings (topuniversities.com) xếp hạng vào nhóm 250 các trường đại học hàng đầu Châu Á trong đó lĩnh vực khoa học tự nhiên (xếp thứ 61), lĩnh vực khoa học sự sống và y sinh (xếp thứ 84), góp phần nâng cao vị thế, thương hiệu của từng đơn vị, cũng như của ĐHQGHN và của cả hệ thống giáo dục đại học Việt Nam; tích cực thúc đẩy quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa và hội nhập quốc tế của đất nước.
Tổng kết đánh giá mô hình các đại học, Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Thiện Nhân khẳng định ĐHQGHN đã đi đúng hướng trong việc xây dựng và phát triển mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao theo Nghị định số 07/2001/NĐ-CP của Chính phủ và Quy chế số 16/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ (nguồn: Báo điện tử Chính phủ).
Năm 2013
Ngày 05 tháng 9 năm 2013, Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục là tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục đầu tiên được thành lập tại Việt Nam theo Quyết định số 3568/QĐ-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Nhằm triển khai thực hiện Luật Giáo dục đại học, hai ĐHQG đã phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo để soạn thảo Nghị định mới về ĐHQG và Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG và các cơ sở giáo dục đại học thành viên, trình Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ ban hành. Đến ngày 17 tháng 11 năm 2013, thay mặt Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ đã ký ban hành Nghị định số 186/2013/NĐ-CP về ĐHQG (thay thế cho Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2001 của Chính phủ về ĐHQG).
Để đảm bảo phù hợp với những quy định mới của pháp luật, đồng thời với việc xác định vị trí việc làm trong các đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc, trên cơ sở rà soát, đánh giá thực trạng cũng như tiềm năng, năng lực và hiệu quả hoạt động của các đơn vị, Đảng ủy và Hội đồng ĐHQGHN đã ban hành Nghị quyết số 118-NQ/ĐU ngày 04 tháng 7 năm 2013 của Hội nghị Ban chấp hành Đảng bộ ĐHQGHN lần thứ 14 về Đề án điều chỉnh, sắp xếp lại và phát triển tổ chức trong ĐHQGHN. Theo đó, ĐHQGHN đã triển khai thực hiện Đề án điều chỉnh, sắp xếp lại và phát triển tổ chức trong ĐHQGHN theo hướng tinh giản đầu mối, tăng cường nguồn lực cho các đơn vị thành viên và đầu tư phát triển cho các đơn vị trực thuộc sau khi điều chỉnh, sắp xếp lại. Cơ cấu tổ chức của ĐHQGHN được xác định rõ theo 4 nhóm: (i) Trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên; (ii) Đơn vị trực thuộc định hướng phát triển thành trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên trong thời gian tới; (iii) Đơn vị phục vụ; iv) Đơn vị kinh doanh, dịch vụ.
Kết quả một số đơn vị, tổ chức đã được điều chỉnh, sắp xếp lại: (i) Ban Thanh tra được đổi tên thành Ban Thanh tra và Pháp chế;  Ban Quan hệ Quốc tế được đổi tên thành Ban Hợp tác và Phát triển; (ii) Ban Quản lý và phát triển dự án được đổi tên thành Ban Quản lý các dự án; (iii) Trung tâm Nhân lực quốc tế được đổi tên thành Trung tâm Dự báo và Phát triển nguồn nhân lực  (Quyết định số 3089/QĐ-TCCB ngày 04 tháng 9 năm 2013); (iv) Một số đơn vị được sáp nhập vào trường đại học thành viên như: Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng giảng viên, lý luận chính trị, Trung tâm Nghiên cứu về Phụ nữ, Trung tâm Nano và Năng lượng, Trung tâm Nghiên cứu Biển và Đảo; (v) Một số đơn vị được sáp nhập vào trường đại học/viên nghiên cứu khoa học thành viên hoặc đơn vị trực thuộc: Trung tâm Truyền thông và quan hệ công chúng; Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Thông tin, Trung tâm Hỗ trợ đào tạo và phát triển đô thị đại học, Nhà In ĐHQGHN; (vi ) Một số đơn vị được  giải thể như Nhà in ĐHQGHN, Trung tâm Hỗ trợ đào tạo và phát triển đô thị đại học, Trung tâm Truyền thông và quan hệ công chúng
Mặt khác, ĐHQGHN có các tổ chức thực hiện nhiệm vụ đặc biệt như: (i) Văn phòng Chương trình Khoa học và công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước “Khoa học và Công nghệ phục vụ phát triển bền vững vùng Tây Bắc” (gọi tắt là Văn phòng Chương trình Tây Bắc); (ii) Câu lạc bộ Nhà khoa học ĐHQGHN (tên tiếng Anh: VNU - Scientist Links, viết tắt: VSL) được thành lập ngày 07 tháng 02 năm 2013 (Quyết định số 463/QĐ-TCCB ngày của Giám đốc ĐHQGHN) là tổ chức thuộc ĐHQGHN hoạt động theo nguyên tắc tự nguyện và phi lợi nhuận nhằm kết nối các nhà khoa học trong ĐHQGHN.
Năm 2014
Để gia tăng tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong các cơ sở giáo dục đại học thành viên, trên cơ sở các quy định tại Luật Giáo dục đại học, Nghị định số 186/2013/NĐ-CP ngày 17 tháng 11 năm 2013 của Chính phủ về ĐHQG, ngày 26 tháng 3 năm 2014, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 26/2014/QĐ-TTg ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động của ĐHQG và các cơ sở giáo dục đại học thành viên. Quy chế mới này thay thế cho Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG ban hành kèm theo Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg ngày 12 tháng 02 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ. Những nội dung quy định trong Quy chế số 26/2014/QĐ-TTg thể hiện rõ quan điểm đổi mới về ĐHQG của Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ trong quá trình phát triển bền vững và hội nhập.
Trong năm 2014, Thủ tướng Chính phủ cũng đã ký Quyết định thành lập Trường Đại học Việt Nhật thuộc ĐHQGHN trên cơ sở thảo thuận của Chính phủ hai nước Việt Nam và Nhật Bản (Quyết định số 1186/QĐ-TTg ngày 21 tháng 7 năm 2014).
Đồng thời, trong năm 2014, thực hiện chỉ đạo của Đảng ủy ĐHQGHN, Ban Giám đốc, ĐHQGHN, một số đơn vị trực thuộc tiếp tục được điều chỉnh và sắp xếp lại: (i) Viện Tin học Pháp ngữ đổi tên thành Viện Quốc tế Pháp ngữ (Quyết định số 4299/QĐ-ĐHQGHN ngày 18 tháng 11 năm 2014) nhằm mở rộng phạm vi hoạt động của Viện Tin học Pháp ngữ, định hướng phát triển thành một trung tâm nghiên cứu và đào tạo quốc tế liên ngành chất lượng cao; (ii) thành lập Ban Quản lý Trường Đại học Việt Nhật theo Quyết định số 2589/QĐ-ĐHQGHN ngày 30 tháng 7 năm 2014; (iii) sáp nhập Trung tâm Phát triển Hệ thống và Trung tâm Công nghệ đào tạo và Hệ thống việc làm vào Trung tâm Dự báo và Phát triển nguồn nhân lực (Quyết định số 5650/QĐ-ĐHQGHN và Quyết định số 5651/QĐ-ĐHQGHN ngày 31 tháng 12 năm 2014; (iv) Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Thông tin được sáp nhập vào Viện Công nghệ Thông tin; (v) Trung tâm Quốc tế Nghiên cứu Biên đổi toàn cầu sáp nhập vào Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường; (vi) Chuyển mô hình Trung tâm Hỗ trợ Nghiên cứu Châu Á sang trạng thái không là đơn vị trực thuộc của ĐHQGHN.
Kết thúc giai đoạn 1 của Đề án điều chỉnh, sắp xếp và phát triển tổ chức (giai đoạn 2013-2014), ĐHQGHN đã hoàn thành việc kiện toàn tổ chức lại các đơn vị trực thuộc đáp ứng yêu cầu mới, cụ thể là: cấu trúc tổ chức lại Nhà xuất bản (với bộ máy hành chính gọn nhẹ và 03 trung tâm kinh doanh dịch vụ), đổi tên và sáp nhập 02 Trung tâm vào Trung tâm Dự báo và Phát triển nguồn nhân lực, đổi tên Viện Tin học Pháp ngữ... Cơ cấu tổ chức của ĐHQGHN được tinh giảm từ 43 đơn vị xuống còn 29 đơn vị và được phân định rõ theo 3 loại hình: i) Đơn vị đào tạo; ii) Đơn vị nghiên cứu khoa học; iii) Đơn vị phục vụ, dịch vụ, góp phần củng cố ĐHQGHN thành một thực thể hữu cơ, có quy mô hợp lý, giảm thiểu sự chống chéo về chức năng, nhiệm vụ giữa các đơn vị.
Năm 2015
Nhằm đẩy mạnh thực hiện Nghị quyết Trung ương 6 về phát triển khoa học và công nghệ (Nghị quyết số 20-NQ/TW), Nghị quyết Trung ương 8 về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo (Nghị quyết số 29-NQ/TW), thực hiện các chỉ tiêu quan trọng được đề ra trong Đại hội Đảng bộ ĐHQGHN lần thứ 5, nhiệm kỳ 2015-2020, ĐHQGHN tiếp tục triển khai và thực hiện giai đoạn 2 của Đề án điều chỉnh, sắp xếp lại và phát triển cơ cấu tổ chức của các đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc.
Năm 2016
Để đạt mục tiêu chiến lược phát triển thành đại học định hướng nghiên cứu, đa ngành, đa lĩnh vực, ĐHQGHN cũng đang tiến hành thành lập mới, chuyển đổi mô hình tổ chức và hoạt động của một số đơn vị, cũng như nâng cấp một số đơn vị trực thuộc thành trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên thuộc ĐHQGHN. Trong năm 2016, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định thành lập Viện Trần Nhân Tông (Quyết định số 1717/QĐ-TTg ngày 01 tháng 9 năm 2016) và thành lập Viện Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở nâng cấp Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường (Quyết định số 2218/QĐ-TTg ngày 17 tháng 11 năm 2016).
Cũng trong năm 2016, Giám đốc ĐHQGHN đã ban hành Quyết định nâng cấp Trung tâm Khảo thí ĐHQGHN từ trực thuộc Viện Đảm bảo chất lượng giáo dục thành Trung tâm Khảo thí ĐHQGHN trực thuộc ĐHQGHN (Quyết định số 2099/QĐ-ĐHQGHN ngày 21 tháng 7 năm 2016). Đồng thời, điều chỉnh tên gọi và chức năng, nhiệm vụ của Khoa Quản trị Kinh doanh thành Khoa Quản trị và Kinh doanh (Quyết định số 2211/QĐ-ĐHQGHN ngày 29 tháng 7 năm 2016); đổi tên Ban Quản lý Trường Đại học Việt Nhật thành Ban Quản lý Dự án Trường Đại học Việt Nhật (Quyết định số 3170/QĐ-ĐHQGHN ngày 14 tháng 10 năm 2016) và giải thể Văn phòng hợp tác ĐHQGHN và Đại học Kyoto (Quyết định số 294/QĐ-ĐHQGHN ngày 05 tháng 02 năm 2016).
Ngoài ra, trong năm 2016, ĐHQGHN thành lập 02 tổ chức thực hiện nhiệm vụ đặc biệt: i) Câu lạc bộ Cựu sinh viên ĐHQGHN được thành lập ngày 11 tháng 4 năm 2016 (Quyết định số 979/QĐ-ĐHQGHN) với mục đích thúc đẩy phát triển mạng lưới cựu sinh viên của ĐHQGHN để kết nối trí tuệ và tình cảm suốt đời, là nhịp cầu kết nối sinh viên và doanh nghiệp; ii) Văn phòng hợp tác ĐHQGHN và Đại học Arizona được thành lập vào tháng 12/2016 (theo thỏa thuận hợp tác với Đại học Arizona, Hoa Kỳ).
Năm 2017
Căn cứ các mục tiêu, nhiệm vụ, giải pháp tại Nghị quyết số 18-NQ/TW và Nghị quyết số 19-NQ/TW  tại Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XII ngày 25 tháng 10 năm 2017, trong năm 2017, ĐHQGHN đã tiến hành kiện toàn, điều chỉnh, sắp xếp lại để ổn định tổ chức và hoạt động của một số đơn vị: (i) Điều chỉnh tên gọi và chức năng, nhiệm vụ của Khoa Sau đại học thành Khoa Các khoa học liên ngành (Quyết định số 248/QĐ-ĐHQGHN ngày 20 tháng 01 năm 2017); (ii) đổi tên Trung tâm Hợp tác và Chuyển giao tri thức thành Trung tâm Chuyển giao tri thức và Hỗ trợ khởi nghiệp (Quyết định số 269/QĐ-ĐHQGHN ngày 24 tháng 01 năm 2017); (iii) hợp nhất Nhà khách ĐHQGHN ; Cơ sở 2 của Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại xã Tản Lĩnh, huyện Ba Vì và Trung tâm Nghiên cứu Đô thị thành Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại Hòa Lạc (Quyết định số 307/QĐ-ĐHQGHN ngày 06 tháng 02 năm 2017); (iv) điều chuyển các chức năng, nhiệm vụ còn lại ở Cơ sở 1 của Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại địa chỉ số 144 Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội về Văn phòng ĐHQGHN và sau đó giải thể Trung tâm Phát triển ĐHQGHN; (v) điều chuyển Trung tâm Ứng dụng công nghệ thông tin từ Viện Công nghệ Thông tin về trực thuộc Văn phòng ĐHQGHN; (vi) đổi tên Trung tâm Giáo dục Quốc phòng – An ninh thành Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh (Quyết định số 2333/QĐ-ĐHQGHN ngày 24 tháng 7 năm 2017).
ĐHQGHN đang trong tiến trình thay đổi tổ chức và nhân sự để thực hiện các nhiệm vụ đặc biệt của ĐHQGHN: chuẩn bị thành lập Văn phòng Nhiệm vụ Quốc chí; triển khai các thủ tục để sẵn sàng tiếp nhận lại Dự án đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc trên cơ sở Quyết định số 2068/QĐ-TTg ngày 21 tháng 12 năm 2017 của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển giao Dự án đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc từ Bộ Xây dựng sang ĐHQGHN.
Năm 2018
Ngày 22 tháng 01 năm 2018, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 282/QĐ-ĐHQGHN thành lập Văn phòng Nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp ĐHQG “Xây dựng bộ Địa chí Quốc gia Việt Nam”, tên viết tắt: Văn phòng Nhiệm vụ Quốc chí trực thuộc ĐHQGHN để thực hiện nhiệm vụ đặc biệt.
Căn cứ Quyết định số 206/QĐ-BXD ngày 13 tháng 02 năm 2018 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng và một số văn bản khác, Giám đốc ĐHQGHN ký Quyết định về việc tiếp nhận Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc (Quyết định số 698/QĐ-ĐHQGHN ngày 05 tháng 3 năm 2018) và tiếp nhận vai trò là chủ đầu tư Dự án đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc. Đây cũng là giai đoạn ĐHQGHN hoàn thiện Đề án mô hình tổ chức bộ máy để triển khai nhiệm vụ đầu tư, xây dựng đô thị ĐHQGHN tại Hòa Lạc.
Năm 2020
Văn phòng Dự án Phát triển Trung tâm Tư liệu Việt Nam học tại ĐHQGHN, tên viết tắt là Văn phòng Dự án Trung tâm Tư liệu Việt Nam học, trực thuộc ĐHQGHN được thành lập ngày 31 tháng 7 năm 2020 (Quyết định số 2206/QĐ-ĐHQHGN).
Ngày 27 tháng 10 năm 2020, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 1666/QĐ-TTg về việc thành lập Trường Đại học Y Dược là Trường Đại học thành viên thứ tám của ĐHQGHN trên cơ sở nâng cấp và phát triển Khoa Y Dược. Theo Quyết định thành lập, Trường Đại học Y Dược có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; thực hiện tự chủ theo quy định của Chính phủ; chịu sự quản lý trực tiếp của ĐHQGHN, quản lý nhà nước về Giáo dục đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo và quản lý về lãnh thổ của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội.
Năm 2021
Ngày 28 tháng 10 năm 2021, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 3333/QĐ-ĐHQGHN thành lập Ban Quản lý dự án “Phát triển các Đại học quốc gia Việt Nam - Tiểu dự án ĐHQGHN”, gọi tắt là Ban Quản lý Dự án World Banks. 
Ngày 01 tháng 12 năm 2021, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 3868/QĐ-ĐHQGHN thành lập Trường Quốc tế trên cơ sở tổ chức lại Khoa Quốc tế, ĐHQGHN và Quyết định số 3869/QĐ-ĐHQGHN thành lập Trường Quản trị và Kinh doanh trên cơ sở tổ chức lại Khoa Quản trị và Kinh doanh, ĐHQGHN.
Trong năm 2021, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định điều chỉnh lại chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại Hòa Lạc và Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc; điều chuyển Bản tin ĐHQGHN thuộc Tạp chí Khoa học về thuộc Phòng Thông tin và Quản trị thương hiệu, Văn phòng ĐHQGHN; tổ chức lại Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Thông tin thuộc Văn phòng ĐHQGHN thành Trung tâm Quản trị đại học số.          
Năm 2022
Ngày 14 tháng 02 năm 2022, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 316/QĐ-ĐHQGHN đổi tên Trung tâm Thông tin - Thư viện thành Trung tâm Thư viện và Tri thức số, có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 3 năm 2022.
Nhằm phù hợp với Chiến lược phát triển ĐHQGHN đến năm 2030, tầm nhìn 2045; Chiến lược khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính về phát triển Khu đô thị ĐHQGHN theo mô hình “5 trong 1”, ĐHQGHN đang xây dựng các Đề án để thực hiện các nhiệm vụ: (i) Chuyển đổi Khoa Các khoa học liên ngành thành Trường Khoa học Liên ngành Sáng tạo và Nghệ thuật; (ii) Thành lập Khoa/Viện trực thuộc Trường Quốc tế làm tiền đề phát triển thành Trường Quản lý Khách sạn Quốc tế trực thuộc ĐHQGHN sau này, (iii) Chuyển đổi loại hình tổ chức và hoạt động của Viện Quốc tế Pháp ngữ từ một đơn vị nghiên cứu khoa học sang thành Khoa đào tạo trực thuộc ĐHQGHN; (iv) Thành lập Ban Xúc tiến đầu tư là Ban chức năng của ĐHQGHN; (vi) Đổi tên Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại Hòa Lạc thành Trung tâm Quản lý đô thị đại học; (v) Thành lập Công ty cổ phần đầu tư phát triển ĐHQGHN (VNU-Holdings); và (vi) trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án điều chuyển Bệnh viện Xây dựng trực thuộc Bộ Xây dựng vào ĐHQGHN.
Ngày 19 tháng 5 năm 2022, thực hiện hiện Nghị quyết Hội nghị lần thứ 9 Ban Chấp hành Đảng bộ ĐHQGHN khóa VI, với sự quyết liệt của các đơn vị thuộc Cơ quan ĐHQGHN và một số đơn vị có liên quan, ĐHQGHN chính thức chuyển trụ sở làm việc tới Hòa Lạc.
Ngoài ra, trong tháng 6/2022, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 1850/QĐ-ĐHQGHN ngày 06 tháng 6 năm 2022 về việc thành lập Văn phòng chương trình khoa học và công nghệ trọng điểm tại ĐHQGHN trên cơ sở hợp nhất Văn phòng Chương trình Tây Bắc (thành lập năm 2013), Văn phòng Nhiệm vụ Quốc chí (thành lập năm 2018), Văn phòng Dự án Trung tâm Tư liệu Việt Nam học (thành lập năm 2020); Quyết định số 1892/QĐ-ĐHQGHN ngày 08 tháng 6 năm 2022 thành lập Ban điều hành Câu lạc bộ Cựu sinh viên Doanh nhân ĐHQGHN nhiệm kỳ 2022-2027.
Thực hiện Nghị quyết của Hội nghị lần thứ mười Ban Chấp hành Đảng bộ ĐHQGHN, Nghị quyết của Hội đồng ĐHQGHN nhiệm kỳ 2018-2023, ngày 15 tháng 8 năm 2022, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 2179/QĐ-ĐHQGHN về việc thành lập Ban Xúc tiến đầu tư là Ban chức năng của ĐHQGHN.
Ngày 23 Tháng 9 năm 2022, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 1124/QĐ-TTg thành lập Trường Đại học Luật là trường đại học thành viên của ĐHQGHN trên cơ sở Khoa Luật trực thuộc ĐHQGHN. Theo đó, Trường Đại học Luật có trụ sở chính tại thành phố Hà Nội; là cơ sở giáo dục đại học công lập thành viên của ĐHQGHN; thực hiện tự chủ theo quy định của pháp luật; có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; chịu sự quản lý trực tiếp của ĐHQGHN, quản lý Nhà nước về giáo dục đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo và quản lý theo lãnh thổ của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội.
Như vậy, tính đến nay, cơ cấu tổ chức của ĐHQGHN bao gồm 36 đơn vị, trong đó: Cơ quan ĐHQGHN (Văn phòng, 09 Ban chức năng và Khối Văn phòng Đảng - đoàn thể) và 35 đơn vị thành viên, đơn vị trực thuộc, gồm: 09 trường đại học thành viên; 02 trường trực thuộc, 01 Khoa trực thuộc và 02 Trung tâm đào tạo môn chung; 05 Viện nghiên cứu khoa học thành viên, 02 Viện nghiên cứu khoa học trực thuộc, 14 đơn vị dịch vụ và phục vụ trực thuộc. Bên trong các trường đại học thành viên của ĐHQGHN có 04 trường THPT (Trường THPT Chuyên Ngoại Ngữ, Trường THPT Chuyên Khoa học tự nhiên, Trường THPT Chuyên Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường THPT Khoa học Giáo dục) và 01 Trường THCS (Trường THCS Ngoại Ngữ). ĐHQGHN có 08 tổ chức thực hiện nhiệm vụ đặc biệt (01 Trung tâm, 02 Văn phòng, 02 Quỹ phát triển, 03 Câu lạc bộ), chi tiết được nêu tại Sơ đồ tổ chức, bộ máy.
Trải qua gần 30 năm xây dựng và phát triển, hiện nay ĐHQGHN đã có 35 đơn vị thành viên, trực thuộc. Quy mô đào tạo không ngừng tăng để đáp ứng nhu cầu của thị trường nhân lực với gần 55.000 các hệ đào tạo (trong đó có khoảng 5.900 bậc THPT, THCS; khoảng 40.000 sinh viên hệ chính quy, khoảng 9.000 học viên cao học và nghiên cứu sinh) và gần 995 sinh viên quốc tế. Các chỉ số về phát triển đội ngũ cán bộ không ngừng tăng lên đã góp phần gia tăng chỉ số xếp hạng đại học, tiêu biểu là khoảng 2.500 cán bộ khoa học, gần 1.400 giảng viên thỉnh giảng, tỷ lệ giảng viên có trình độ tiến sĩ, tiến sĩ khoa học/giảng viên cơ hữu đạt 65%; tỷ lệ cán bộ khoa học có trình độ tiến sĩ đạt 61%; tỷ lệ giảng viên có chức danh giáo sư, phó giáo sư trên tổng số giảng viên cơ hữu có thời điểm đạt 19,8%; tỉ lệ giáo sư, phó giáo sư/cán bộ khoa học đạt 19%, trung bình số công trình khoa học công bố trên hệ thống cơ sở dữ liệu WoS và Scopus trên tổng số cán bộ khoa học/năm là 0,44.
Với quyết tâm và kiên trì đổi mới đồng bộ, chất lượng đào tạo của ĐHQGHN tiếp tục được xã hội đánh giá cao. Các mô hình đào tạo có tính tiên phong, sáng tạo đặc sắc của ĐHQGHN nhận được hiệu ứng tích cực từ người học và xã hội. Cơ cấu ngành nghề đào tạo có bước phát triển đột phá, chuyển dịch theo hướng thích ứng với cuộc cách mạng chuyển đổi số, tăng tính ứng dụng và khả năng khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo. Các đơn vị đào tạo thực hiện gắn đào tạo với thị trường lao động, chủ động nắm bắt nhu cầu của doanh nghiệp hoặc phát triển chương trình đào tạo có sự tham gia của các doanh nghiệp bảo đảm chất lượng đầu ra. ĐHQGHN tiếp tục ưu tiên triển khai các chương trình đào tạo khoa học cơ bản, tài năng, tiên tiến, chất lượng cao, chuẩn quốc tế. Việc phát triển các chương trình đào tạo này nhằm mục tiêu đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho thị trường lao động trong nước và quốc tế, đáp ứng yêu cầu xã hội trong quá trình hội nhập quốc tế và toàn cầu hóa. Bên cạnh đó, các chương trình đào tạo liên ngành, liên lĩnh vực được mở rộng, góp phần cung cấp nguồn nhân lực chất lượng cao, có tư duy liên ngành cho các ngành kinh tế mũi nhọn của đất nước.
Trong nghiên cứu khoa học, ĐHQGHN đã xác lập đường hướng và tập trung phát triển theo định hướng đại học đổi mới sáng tạo. Theo đó, bên cạnh số lượng các công bố quốc tế gia tăng không ngừng, các phát minh, sáng chế và chuyển giao tri thức vào cuộc sống liên tục được đẩy mạnh. Các chuỗi giá trị đổi mới - sáng tạo trong ĐHQGHN được thúc đẩy, hoạt động đổi mới sáng tạo của ĐHQGHN tiếp tục đạt được những kết quả nổi bật. Nguồn tài sản trí tuệ to lớn của các nhà khoa học ĐHQGHN chuyển giao vào thực tiễn đã góp phần giải quyết hiệu quả các bài toán của xã hội đặt ra, những vấn đề mà xã hội đang cần. Tiềm lực khoa học và công nghệ (KH&CN) ở ĐHQGHN được quan tâm đầu tư phát triển. Nhiều cơ chế, chính sách trọng dụng, đãi ngộ các nhà khoa học, sản phẩm KH&CN cũng được triển khai, tạo động lực thúc đẩy phát triển các tiềm lực KH&CN. Tỉ lệ cán bộ khoa học trình độ cao tiếp cận tiêu chí của đại học nghiên cứu, trong đó có nhiều chuyên gia đầu ngành, nhà khoa học đạt trình độ quốc tế có khả năng triển khai các nghiên cứu đột phá, các chương trình, nhiệm vụ nghiên cứu liên ngành. Định hướng phát triển hệ thống phòng thí nghiệm trọng điểm đã và đang được tăng cường, đặc biệt là chiến lược phát triển hệ thống phòng thí nghiệm liên ngành tại Hòa Lạc - Khu 22,9 ha để đổi mới việc tổ chức nghiên cứu gắn với nhu cầu của doanh nghiệp, hướng tới tạo ra các nghiên cứu tham gia giải quyết các vấn đề lớn của đất nước và các sản phẩm KH&CN ứng dụng trong thực tiễn.
Gắn kết sứ mệnh với phát triển kinh tế - xã hội đất nước, ĐHQGHN tiếp tục thể hiện trách nhiệm quốc gia trong việc tham gia chủ trì, thực hiện những chương trình nghiên cứu có tầm vóc, mang giá trị thời đại, giá trị dân tộc và nhân văn lớn, mang ý nghĩa khoa học và thực tiễn cao đối với sự phát triển của xã hội và đất nước như: Chương trình KH&CN phát triển bền vững vùng Tây Bắc, Nhiệm vụ xây dựng Bộ Địa chí quốc gia Việt Nam, Trung tâm Tư liệu Việt Nam học, Dự án Dịch thuật và phát huy giá trị tinh hoa các tác phẩm Kinh điển phương Đông, đề xuất Chương trình KH&CN phục vụ thu hút đầu tư, phát triển kinh tế - xã hội vùng ven biển Việt Nam,...
Trong hoạt động hợp tác và phát triển, thúc đẩy hợp tác giữa Đại học - Nhà nước - Địa phương - Doanh nghiệp đã góp phần khẳng định hiệu quả thực chất trong các hoạt động của ĐHQGHN. ĐHQGHN tiếp tục thu hút nguồn lực từ các đối tác doanh nghiệp lớn trong và ngoài nước.
Những thành quả trên các mặt hoạt động trong gần 30 năm qua đã giúp ĐHQGHN tiếp tục có bước chuyển mình vươn lên mạnh mẽ, khẳng định danh tiếng, xác lập vị trí đại học hàng đầu Việt Nam và ghi danh vào nhóm các trường đại học có vị thế cao trong khu vực và thế giới. Vị trí xếp hạng của ĐHQGHN trong các bảng xếp hạng uy tín thế giới luôn được duy trì và gia tăng. ĐHQGHN liên tục xếp vị trí số 1 Việt Nam và nằm trong nhóm 801-1000 thế giới theo các bảng xếp hạng Times Higher Education (THE), QS. Một số lĩnh vực của ĐHQGHN nằm trong nhóm 500 trường đại học hàng đầu thế giới. Cũng theo xếp hạng của THE, các chỉ số về giảng dạy, nghiên cứu khoa học, hội nhập quốc tế của ĐHQGHN đứng đầu trong nhóm các cơ sở giáo dục đại học của Việt Nam. Đặc biệt, mới đây nhất, ĐHQGHN được xếp vào nhóm 101-150 các cơ sở giáo dục đại học dưới 50 năm thành lập có chất lượng hàng đầu thế giới theo bảng xếp hạng QS.
Đặc biệt, với sứ mệnh là đại học tiên phong trong đào tạo và nghiên cứu khoa học, ĐHQGHN đã phối hợp với các đơn vị đối tác xây dựng và phát triển các nền tảng hỗ trợ hệ thống giáo dục quốc dân; lan tỏa, phát triển văn hóa chất lượng; cầu nối giữa người học và các nhà tuyển dụng như: Kênh trực tuyến hỗ trợ giáo dục tiểu học, Kênh chất lượng giáo dục đại học và nghề nghiệp, Kênh đào tạo tiếng Việt cho người Việt Nam ở nước ngoài, Nền tảng kết nối và hỗ trợ doanh nghiệp… Ngày 23 tháng 10 năm 2022, ĐHQGHN đã tổ chức Lễ khai giảng đầu tiên tại Hòa Lạc. Việc dạy và học tại các khu tổ hợp giảng đường ở Hòa Lạc đã bắt đầu từ tháng 9/2022. Trong năm học 2022 - 2023, có gần 6 nghìn sinh viên học tập tại Hòa Lạc, bao gồm sinh viên của nhiều đơn vị đào tạo của ĐHQGHN như các Trường: ĐH Y Dược, ĐH Giáo dục, ĐH Việt Nhật và Trường Quốc tế.